Nuestro centro nació como consecuencia de la necesidad de incorporar el primer ciclo de Educación Secundaria Obligatoria a los Institutos durante el curso 1999-2000.
Su primera denominación fue la de Instituto Número 3 de San Fernando de Henares. Popularmente la gente de la localidad lo comenzó al denominar "el 3" o "el tercer instituto", ya que hasta ese momento solo habia dos centros de secundaria en la localidad.
Jurídicamente el centro nació el 7 de julio de 1998 y empezó su actividad lectiva el 15 de septiembre del mismo año, teniendo como sede provisional el edificio de la Escuela Oficial de Idiomas (E.O.I.) situado en la calle La Presa 2, de San Fernando de Henares, ya que el edificio que iba a constituir la sede del centro no había sido terminado de construir.
Durante cinco meses se prolongó la actividad lectiva en las instalaciones de la E.O.I. hasta que el 20 de febrero de 1999 se abrieron las puertas del recién construido centro y los 150 alumnos de 3º de E.S.O. matriculados se instalaron en sus aulas todavía con olor a yeso fresco y pintura reciente.
Durante los cuatro meses restantes, los doce profesores que componían el claustro adecuaron y prepararon las instalaciones y las bases para albergar a los más de 600 alumnos que se esperaban para el siguiente curso académico.
El Consejo Escolar se constituía el 19 de enero de 1999 y el 4 de mayo se aprobaba la denominación específica de Jaime Ferrán Clúa.
Durante el curso 1999-2000 se implantó toda la Educación Secundaria Obligatoria y se trasladaron las enseñanzas de Formación Profesional de la Familia Profesional de Sanidad desde el Instituto Rey Fernando al nuestro.
El curso 2000-2001 comienza a impartirse el primer curso de Bachillerato en sus modalidades Tecnológico y Humanidades y Ciencias Sociales
Este 2000-2001, con la educación secundaria completamente implantada, las enseñanzas de bachillerato comenzadas, y tres ciclos formativos de la familia profesional de Sanidad, nuestro centro aspira a convertirse en el más representativo de las nuevas enseñanzas del sistema LOGSE de la localidad de San Fernando de Henares.